ระบบระบายความร้อนด้วยน้ำใช้ปั๊มเพื่อหมุนเวียนสารทำความเย็นในท่อระบายความร้อนและระบายความร้อน ส่วนดูดซับความร้อนบนหม้อน้ำ (เรียกว่ากล่องดูดซับความร้อนในระบบระบายความร้อนด้วยของเหลว) ใช้เพื่อดูดซับความร้อนจากซีพียูของคอมพิวเตอร์ นอร์ธบริดจ์ และการ์ดจอ ความร้อนที่ดูดซับโดยส่วนดูดซับความร้อนจะถูกระบายออกสู่ภายนอกโฮสต์ผ่านหม้อน้ำที่ออกแบบไว้ที่ด้านหลังตัวเครื่อง
ในด้านการระบายความร้อนของคอมพิวเตอร์ส่วนบุคคลในปัจจุบัน แม้ว่าหม้อน้ำระบายความร้อนด้วยอากาศจะหลีกเลี่ยงวงจรอุบาทว์ของการระบายความร้อนที่รุนแรงและมีเสียงรบกวนได้ แต่หม้อน้ำเหล่านี้ก็มักจะพัฒนาไปในทิศทางของปริมาตรที่มาก ท่อระบายความร้อนหลายท่อ และน้ำหนักเกิน ซึ่งทำให้ผู้ใช้ไม่สะดวกในการใช้งานจริงและการติดตั้งหม้อน้ำ อีกทั้งยังทดสอบความสามารถในการรับน้ำหนักและแรงดันของอุปกรณ์เสริมคอมพิวเตอร์อีกด้วย เมื่อพิจารณาถึงความยากลำบากที่กล่าวข้างต้นในยุคหลังการระบายความร้อนด้วยอากาศ หม้อน้ำระบายความร้อนด้วยน้ำจึงได้รับการยอมรับจากผู้ใช้คอมพิวเตอร์ส่วนใหญ่
ภาษาไทยเนื่องจากเป็นเทคโนโลยีการระบายความร้อนที่ครบถ้วนสมบูรณ์ การระบายความร้อนด้วยน้ำจึงถูกนำมาใช้กันอย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมต่างๆ เช่น การระบายความร้อนของรถยนต์และเครื่องยนต์เครื่องบิน การนำเทคโนโลยีการระบายความร้อนด้วยน้ำมาใช้ในสาขาคอมพิวเตอร์ไม่ได้เป็นเพราะการระบายความร้อนด้วยอากาศได้ถึงจุดสิ้นสุดแล้ว แต่เป็นเพราะความเร็วในการระบายความร้อนของของเหลวนั้นเร็วกว่าอากาศมาก ดังนั้นหม้อน้ำระบายความร้อนด้วยน้ำจึงมักมีประสิทธิภาพในการระบายความร้อนได้ดี และสามารถควบคุมเสียงได้ดีอีกด้วย เนื่องมาจากข้อได้เปรียบในด้านประสิทธิภาพการระบายความร้อนและความเงียบ หม้อน้ำระบายความร้อนด้วยน้ำจึงปรากฏขึ้นไม่นานหลังจากที่การระบายความร้อนด้วยอากาศได้รับความนิยม โชคดีที่การระบายความร้อนด้วยน้ำในสาขาคอมพิวเตอร์กำลังได้รับความนิยมในปัจจุบัน และนี่เป็นเพราะความก้าวหน้าอย่างมากในด้านความปลอดภัยและเสถียรภาพของการระบายความร้อนด้วยของเหลว